A fines del año 1542, el gobernador Alvar Núñez Cabeza de Vaca pisó por primera vez tierra chaqueña, al defender de los ataques de los Guaicurú a una tribu amiga que habitaba frente a lo que hoy es conocido como el Peñón.

En 1786 el sacerdote Juan Francisco Amancio González y Escobar, fundó un pueblo, justamente donde Cabeza de Vaca pisara tierra chaqueña. Lo denominó Reducción Melodía, en honor a Don Pedro Melo de Portugal y Villena, a la sazón gobernador del Paraguay. Luego de unos años el sacerdote volvió a Emboscada, donde ofició de cura párroco hasta su muerte.

En los años de ausencia del padre González, los naturales del lugar llamaron al sitio Amancio Cué y así se siguió llamando hasta que el presidente Carlos Antonio López , en 1855, lo designó con el nombre de Nueva Burdeos, en la ocasión de la radicación de unos 800 colonos provenientes de Bordeaux, Francia. Luego de poco tiempo muchos de los colonos abandonaron el lugar expresando que las facilidades que el gobierno les otorgara no eran suficientes. Otros permanecieron, y muchos de sus descendientes residen hasta hoy en la localidad.

Un año después el presidente López decretó la disolución de la colonia y cambió de nuevo el nombre de la localidad a Villa Occidental. El pueblo quedó poblado por indígenas reducidos y oficiales retirados del ejercito.

Durante la guerra de la Triple Alianza, el territorio fue ocupado por la Argentina, cuyo gobierno repartió solares y campos a ciudadanos argentinos, favoreciendo especialmente a combatientes de su ejército. Se cree que la casona data de esta época, y posiblemente fue construida por prisioneros de guerra paraguayos para un oficial argentino.

Terminada la guerra la Argentina anexó el territorio del Chaco comprendido entre el río Pilcomayo y el río Verde, creando en 1872 el Territorio Nacional del Chaco, siendo su capital Villa Occidental. El gobierno Paraguayo rechazó esta pretensión, y la disputa fue sometida al arbitraje del presidente de los Estados Unidos.